ナンバープレートの取得時、車台番号を全て大文字でしか登録できないと言われていますが、「Qme01-」の「me」の部分を大文字で登録して問題ないでしょうか?

はい、問題ございません。
全て大文字で、「QME01-」にてご登録をお願いいたします。